El clúster tiene sus orígenes hace ya más de once años, con la firma de los primeros convenios de colaboración y entendimiento que buscaban dar respuesta a las necesidades de las empresas que iniciaban su arribo a Querétaro y a las que ya se encontraban en el estado, como lo son Industria de Turborreactores (hoy en día ITP Aero) con más de veinte años de presencia en Querétaro y General Electric con más diez años de instalados.

En aquel entonces, la totalidad de las empresas que conformaban el clúster, eran empresas globales tales como Aernnova, Bombardier y Safran procedentes de países como España, Canadá y Francia respectivamente, especializadas principalmente en procesos de manufactura para sistemas y componentes, motores y aeroestructuras, así como mantenimiento y reparación de motores de avión.

Posteriormente en el año 2012, nace el Aeroclúster de Querétaro como una asociación civil con fines no lucrativos, que bajo el concepto de la triple hélice, agrupa a empresas, academia y gobierno con un propósito en común, impulsar el desarrollo sostenido y sostenible de la industria aeronáutica a nivel estatal.